La siguiente receta ha sido realizada exitosamente con mi viejo escáner USB Acer ScanPrisa 640U (Acer FlatbedScanner 13). He utilizado Kubuntu 8.04 (32 bits) y Kooka.
La información debería ser válida (modificando los parámetros pertinentes) para todos los escáneres soportados por el proyecto SANE, y al menos para las versiones de 32 bits de Ubuntu 8.04 y cualquier derivado oficial.

A continuación configuraremos el escáner para poder utilizarlo sin problemas, evitando de el siguiente mensaje de Kooka:

Problema: No se encontró ningún escáner.

Su sistema no proporciona una instalación SANE (Scanner Access Now Easy) que es necesaria para el soporte de escáneres en KDE.
Por favor, instale y configure correctamente SANE en su sistema.
Visite la página de SANE en http://www.sane-project.org/ para encontrar más información acerca de la instalación y configuración de SANE.

Los pasos a seguir son los siguientes:

1. Apagar el escáner si está encendido.
2. Visitar la página web del proyecto SANE y ver si nuestro escáner está soportado y cuál es el back-end que lo soporta.
3. Ir al sitio web del back-end (en mi caso, SpanScan) para comprobar el nombre del fichero del firmware que utiliza nuestro escáner.
4. Buscar dicho firmware en el CD de drivers que viene con los escáneres o descargar la última versión desde el sitio web del fabricante (en mi caso, MiraScan 3.42U para 1200 DPI (mirascan342u.zip)) y buscarlo dentro del archivo descargado.
5. Copiar el firmware (en mi caso, U96V121.BIN) al directorio /usr/share/sane/snapscan/.
6. En /etc/sane.d/snapscan.conf, reemplazar /usr/share/sane/snapscan/your-firmwarefile.bin por la ruta en la que hemos copiado el firmware (en mi caso, /usr/share/sane/snapscan/U96V121.BIN).
7. Encender el escáner y esperar a que acabe de arrancar.

Tras estos pasos, al lanzar Kooka, y tras unos segundos, deberíamos ser capaces de interactuar con el escáner. Si nuestra resolución de pantalla es de 1024×768 píxeles o menor, es necesario redimensionar, minimizar o cerrar algunas de las opciones de la pantalla principal del programa para poder llegar a visualizar los botones Exploración final y Previsualizar exploración.
Opcionalmente podemos instalar los programas OCRAD y/o GOCR para que Kooka sea capaz de identificar el texto en las imágenes que escaneémos (OCR).

Referencia: Matantando el tiempo: Instalar escáner en Ubuntu.

ACTUALIZACIÓN 2009-01-16:
Según esta página, los escáneres de la marca Acer pasaron a ser marca BenQ, por lo que sus drivers más nuevos los podemos encontrar en el sitio web de esta última. Pincha aquí.