Bueno, voy a intentar explicar una forma de actualizar las distribuciones Linux basadas en APT, guardando aquella configuración relevante para nosotros y evitando tener que instalar manualmente los paquetes en la nueva versión. Es un método alternativo a las actualizaciones de versión automáticas, y más fiable si cabe.

Nota: Si cuando instalaste el sistema, no montaste /home en una partición a parte (si no lo sabes, es que no lo hiciste), una vez realizado el paso número 4 tendrás que copiar todo el contenido de tu carpeta personal, a otro dispositivo (a una memoria USB, por ejemplo), para volver a llevar estos datos a su lugar de origen tras finalizar el punto 6.

Nota 2: Este manual funciona si tenemos más de un usuario en el sistema, pero tal y como está escrito, perderíamos las configuraciones del resto de usuarios. Para guardarlas, habría que salvar también el contenido de cada una de las carpetas personales de éstos (se encuentran en /home) después de realizar el punto número 4, arrancando Dolphin (en Konsole: $ kdesudo dolphin) o Nautilus (en Gnome terminal: $ gksudo nautilus) como superusuario. Habría que volverlos a llevar a su lugar de orígen, pero puedes hacerlo tras finalizar este manual.

1. Iniciamos el sistema.
2. Guardamos los repositorios que tenemos en nuestra carpeta personal (si no has agregado ninguno a mano, omite los pasos 2 y 8).
   $ cp /etc/apt/sources.list $HOME
3. Guardamos la lista de paquetes que tenemos instalados. Para ello, abrimos una terminal, y escribimos:
   $ sudo dpkg --get-selections | grep install$ > $HOME/packages.list
4. Guardamos las configuraciones de nuestro sistema. Para ello nos dirigimos a nuestra carpeta personal, creamos una carpeta (a la que llamaremos backup, por ejemplo), seleccionamos todas las carpetas ocultas (para verlas, en Dolphin: Alt+. y en Nautilus: Alt+H) y las copiamos al directorio que acabamos de crear para este fín.
5. Reiniciamos el sistema y arrancanos en modo de recuperación y elegimos modo root (root mode) si nos pregunta. Nos dirijimos a nuestro directorio mediante la terminal:
   # cd /home/nuestro_nombre_de_usuario_en_minúscula_y_sin_acentos
   Acto seguido, eliminaremos nuestra configuración del sistema:
   # rm -r .*
6. Introducimos el CD/DVD de instalación de la nueva versión de nuestra distro (o incluso de otra cualquiera basada en APT), reiniciamos la máquina:
   # reboot
   y realizamos la instalación de manera habitual.
7. Una vez tengamos el sistema de nuevo operativo, copiamos desde backup la configuración correspondiente a los programas que necesitemos, a su lugar de origen (por ejemplo: para aMule, .aMule y para Firefox, .mozilla).
8. Una vez realizado esto, agregamos los repositorios necesarios (guardados en el punto 2) modificándolos (cuando sea necesario) para adecuarlos a la nueva versión de la distribución, y actualizamos la base de datos de APT:
   $ sudo aptitude update
9. Instalamos los programas que teníamos instalados en la versión anterior de la distro, para ello, en una terminal, escribimos:
   $ sudo dpkg --set-selections < $HOME/packages.list
   y después:
   $ sudo aptitude dselect-upgrade
10. Una vez el proceso haya finalizado, puede que necesitemos reiniciar el sistema o solo la sesión (reinicia la computadora si lo desconoces).

Referencia: Howto – Generar una lista de paquetes instalados y usarla para reinstalar paquetes